Fra le collezioni esposte al museo solo quella delle gemme, ereditata dai Medici, è quasi interamente farnesiana. Durante gli scavi alle terme di Caracalla e al Palatino, i Farnese avevano inoltre raccolto a Roma molte sculture.Tutte le altre sono costituite da quanto trovato negli scavi e acquistato sul mercato antiquario. Appartengono quasi esclusivamente a Ercolano e Pompei le statue di bronzo, gli affreschi, le suppellettili in bronzo, ferro, terracotta, vetro, osso, avorio e gran parte degli oggetti d'oro e d'argento. La raccolta di bronzi è straordinaria, molti provenienti dalla Villa dei Papiri di Pompei (come l'Apollo citaredo della cosiddetta Casa del Citarista). Il museo contiene poi il meglio delle suppellettili (argenti, vasellame prezioso, vasi, lucerne, bracieri, candelabri, bilance, strumenti chirurgici) delle case pompeiane Da Pompei e Ercolano arriva la raccolta dei mosaici. Notevole è il mosaico della Battaglia di Alessandro contro Dario, ma anche le scene più popolaresche come quella della consultazione della maga e il concerto dei musici girovaghi.
Di primo piano è anche la collezione musiva da Pompei, Ercolano e Stabia. Se il distacco degli affreschi ha privato molte case degli scavi, il loro trasferimento nel museo ne ha garantito una migliore conservazione e difesa dagli agenti atmosferici. Sono conservati pitture funerarie o provenienti da case private con soggetto eroico e mitologico, paesaggi, nature morte. Esse ci danno l'opportunità di comprendere quali fossero gli usi e i costumi di quei tempi. Altri oggetti provengono dagli scavi di Cuma, Capua, Pozzuoli, Sorrento, Nola, Baia, Formia, Paestum e le necropoli dell'Italia meridionale. Significativa la collezione di preziosi, terracotte invetriate
e avorio, fra cui va ricordata la tazza Farnese.
Soddisfacente e tappa obbligata in città sarà pertanto la visita al Museo, vero scrigno per l'arte e la cultura della civiltà mediterranea.