Dal punto di vista delle vicende storiche Castel dell'Ovo può essere considerato un inesauribile "contenitore". Basta ricordare che fu tra le sue mura, nel 476, che Odoacre rinchiuse l'ultimo imperatore d'Occidente, Romolo Augustolo. Il ruolo di prigione, poi, lo accompagnò per diversi secoli: gli Angioini vi relegarono il figlio di re Manfredi di Svevia; le autorità ecclesiastiche vi fecero rinchiudere il filosofo Tommaso Campanella; e fu trasformato stabilmente in carcere nel XIX secolo accogliendovi numerosi giacobini, carbonari e liberali, fra cui Francesco De Sanctis. Gli avvenimenti bellici che lo coinvolsero non si contano, per cui ci limitiamo a segnalare soltanto quelli più importanti: durante la lotta fra Aragonesi e Angioini fu tenacemente conteso dai due partiti contrapposti e fu preda ora dell'uno e ora dell'altro; nel corso della Congiura dei Baroni fu completamente saccheggiato dai sostenitori dei baroni e Ferrante d'Aragona, per riprenderlo, fu costretto a cannoneggiarlo con le sue bombarde; anche dopo la venuta del re di Francia Carlo VIII subì un duro bombardamento e fu ulteriormente danneggiato dai Francesi di Luigi XII dagli Spagnoli di Consalvo da Cordova; i sostenitori della Repubblica Partenopea del 1799, invece, usarono i suoi cannoni per sparare sulla città e per intimorire la popolazione, che si opponeva strenuamente all'ingresso delle truppe francesi; dopo di che, quando giunsero gli armati di Fabrizio Ruffo di Calabria, subì i violenti assalti dei realisti, che trucidarono gran parte dei repubblicani che vi si erano asserragliati. L'ultima battaglia che lo coinvolse si ebbe nel 1809, quando il castello si oppose a una flotta angio-borbonica che s'era spinta, provocatoriamente, fin sotto le sue possenti mura: gli ufficiali francesi ordinarono immediatamente il fuoco e il "golfo delle Sirene" fu assordato per un paio d'ore dal suono dei cannoni, fino a che le navi britanniche giunsero alla saggia determinazione di prendere il largo.
Va anche detto che, con gli Spagnoli, prima di essere sottoposto a un radicale rifacimento, il castello fu destinato ai ruoli più singolari, fra cui quello di... macina per il grano, con relativi impianti di mulini a vento. L'ultima radicale ristrutturazione la vollero i Borbone, che gli conferirono, grosso modo, le caratteristiche che ha ancora oggi.